وقتی که راجع به فروشگاه های اینترنتی صحبت می کنیم بایستی این نکته را یاد آور شویم که بحث سئو در آن ها مقداری متفاوت می باشد. فروشگاه های اینترنتی با چالش های زیادی رو به رو اند که در رتبه بندی آن ها توسط موتور های جستجو تاثیر مستقیمی دارد. اکثر فروشگاه های اینترنتی شامل هزاران صفحه می باشند که همه آن ها نیاز به بهینه سازی دارند. چالش هایی که فروشگاه های اینترنتی با آن ها دست به گریبان هستند عبارت هستند از :